《最高指挥官2》游戏设定于终极战争结束后25 年，刚当选的防御同盟总统却遭到暗杀，使得原本恢复和平的宇宙再度爆发冲突，三大势力赛伯安民族、万世皇族和联合地球联盟交相指责，战争迫在眉睫。
在《最高指挥官2》中玩家们可以体验超大规模的血腥战役！在战争中，玩家可以定制庞大的军队，而且任何时候都可以投入实验性质的战争机器，改变整个战局！玩家可以选择成为三个神秘的战争指挥官中的任何一个，他们每一个都代表一个独特的阵营，拥有丰富的故事，代表了RTS类型的一个新的高度。你还可以选择这些阵营进行在线的战斗！你会忠诚于哪一方？
陆军：
坦克：近程对地，平均型。
机器人：近程对地，高速、高攻击、低防御。
炮车：远程炮击，面杀伤。
导弹车：远程跟踪导弹对地，点杀伤。
反导车：拦截导弹。
防空车：防空炮。
护盾车：产生一个球形防护罩，保护周围友军。
空军：
战斗机：对空。
轰炸机：对地，片杀伤。
直升机：对空对地，点杀伤。
运输机：运输15个陆军单位。
