《雷顿教授与魔神之笛(Professor Layton)》作为前《雷顿教授》系列的作品的前传整个游戏围绕着关键的（魔神之笛）所展开。据传说这东西能引来巨人的出现，从而破坏整个米斯特哈雷利。然而路克少年在这里同时也被称为“预言世界终结的少年”。这两者之间似乎又有着重大的关系。
游戏中并预定收录可游玩超过100个小时的附加游戏方式『雷顿教授的伦敦生活』，只要本篇故事通关之后就可以玩这个部分。该方式算是个针对『雷顿教授』系列加以改编而成的角色伴演游戏。本次一样是继续游戏中相关故事和人物介绍，其中也有新的小游戏登场。
以初代『雷顿教授与不可思议的城镇』3年前的时间点为背景，故事剧情叙述雷顿教授收到老友的一封信，信中提到「神秘巨人出现，并接连破坏城镇……」。雷顿教授将挑战各式各样的谜题与陆续现身的敌人，串联众多谜题后所浮现的内容，将是令人意外的事实。
