与其说《古堡迷踪ICO》是一款游戏，不如说它是一款第一无二的艺术品。游戏并不是一款单纯的冒险解密类游戏，而是用非凡的文艺气质来加深玩家对这款游戏的深刻理解。游戏中的情节非常感人，使这部三无作品（无体力槽，无能力槽，无物品栏）成了一首余音绕梁的优雅诗篇。
一个头上长角的孩子ICO被村里的人视为异类，于是被送到魔女的城堡里充当祭祀物。可是ICO从囚住他的石棺里凑巧逃了出来。
这时候他看见一个笼子里关着一个小女孩Yorda，他于是就要想方设法和这个小女孩离开这个处处是机关陷阱的城堡。但是当他们跑到城堡大门的时候却看见了城堡的主人：魔女。她带走了Yorda。从断桥上掉下去的ICO大难不死，他一不留神得到了一把威力无比有神力的宝剑，于是他决定再回到城堡去，把Yorda再带出来。
进入楼下的那扇门，来到一个房间，爬上前方的高台，顺着上面的锁链，跳到对面有亮光的窗口上。走进去，来到一个小厅，先爬上封印之门正对的左侧的梯子，走到尽头处抓住锁链向上爬，在中途的过场动画显示一个女孩子被困在笼中。
从窗户来到城堡外，绕过断裂的部分从第三个窗户爬进去，继续向前走，尽头有一个拉杆，拉动拉杆，这时关着小女孩的铁笼开始慢慢下降了，返回到最下层，爬上另外一侧的梯子，走到封印之门正上方，然后跳到铁笼上面，这样便可以把女孩从铁笼中救出来了。在剧情动画之后，地面出现一个黑色的空洞，从里钻出好多黑色的暗魂，它们抱住少女强行把她拉到黑洞里，ICO赶紧从地面上捡起木棒，跑道女孩身边，把她从黑洞中拉上来。拉着女孩走进封印之门。和女孩进入封印之门后，来到沙发前，这是游戏中的储存点，两人一起坐在上面存好进度。(注意：必须是两个人都坐在沙发上才能储存)
来到桥的另一头解开封印之门，进去消灭掉暗魂后，打开机关从出现的楼梯上去。穿过一个通道，进入到下一个房间。从楼上跳下去，来到对面的高台上开动杠杆。从高台上下来，这时出现暗魂，消灭暗魂后拉着女孩走下楼梯。这时有一个记录点。两个人来到天台上，又一次出现暗魂，这次出现的暗魂会飞行，还会通过飞行闪躲玩家攻击，而且一旦女孩被抓可能就万劫不复了，所以要小心应对。消灭暗魂后走过天台找到铁轨，沿着铁轨走找到小车，开动小车一直沿着铁轨向左走到铁轨的另一端。拉着女孩爬上高台，继续向前走，帮助女孩来到储存点。
再进入圆台上的门后，来到一个非常大的大厅，把吊灯打落。回到刚才有记录点的高台上。进入下面的门，炸掉那个要断得支架旁，然后原路回到上一层的圆台，进入封印之门。出门以后又有灵魂出现，不过这次要比以往多很多，解开楼下的封印之门后，点燃大门附近的蜡烛。回到刚才的大厅，大厅入口处的左边有炸弹，炸开右边被木棍封住得门前。
拉着女孩一起顺着楼梯走下去，在前面门的两边分别有一个机关。利用机关把门打开，ICO一个人进入大门，进去后找到箱子并推下去，放到刚才站着的机关上，这样两个人就可以一起进去了。进入大门以后，ICO把锁链拉到地面。当一切都平静后，拉着女孩的手进入封印之门。
出来后，可以看到一个大风车，爬到风车架子的上方。顺着台阶往下走可以看到一个杠杆，拉动后会有一段侨伸出来。储存后进入封印之门。进去后绕到草坪上，找到其中的一个没有盖盖子的水井，然后跳进去。进入下水道以后，把女孩召唤进来，让她踩在左边的机关上。然后从另外一个铁门出去。利用墙上的突起跳到对面。回到刚刚没有盖盖子的那个下水道口，把女孩拉上来，一起走进封印之门。
从门出来后一起做电梯到上层，把顶端箱子推下去。利用箱子把女孩拉到高台上面，回到大箱子那里，站在箱子上拉动杠杆，这时会有一条锁链垂下来。利用锁链荡到窗户里。进去后发把箱子推到窗户外面，通过箱子爬上高台，在消灭掉灵魂之后拉着女孩的手进入封印之门。
进入封印之门，往上走一层， 从记录点对面的一个门进入开启圆柱形的机关，从刚才升起来的台阶向上走，拉动劲头的拉杆，把两个蜡烛台点燃。拉着女孩跳出圆门外。从左边的梯子向上爬。进去以后点燃另外两个被打开的灯台。这样夹在门中间的铁剑就掉下来了。捡起那把剑。来到水坝上方，把水停止。当所有的圆形门都被打开时。过场动画现示，大门的左侧一半聚满了能量，另一半则没有反应 ……
放下下面的一座吊桥，穿过刚刚放下的吊桥，来到原来有吊灯的那个大厅。进入下面的封印之门。(因为会有很多灵魂出现，所以打不打都可以，只要女孩不被抓走就行)。来到了院子里，下楼梯走到刚才放下的锁链的地方，顺着锁链向上爬，从第二个窗户跳进去。然后向右走，进入一个小门，把箱子推下去，再把它拉到下面那层的窗台的边，然后推下去。利用箱子把女孩拉到最下层的那个窗户，拉着她一起向着封印之门跑去。ICO独自一人从上方的出口来到城的外侧，利用锁链荡到对面一侧，再沿着扶梯下去，在角落里找到一个箱子。把它推到城内的一个深坑里。ICO下到深坑里，利用电梯上到二层，在二层的铁门边有一个杠杆，拉动杠杆，铁门便打开了。
该游戏是通过PS2模拟器实现在电脑上运行游戏的，默认的按键设置为：
I/J/K/L：移动
小键盘5：防守
小键盘4：普通攻击
小键盘8：范围超重击
小键盘7：调出武器菜单
如玩家不习惯默认的按键设置，可以在[设置]→[控制器]→[插件设置]→[手柄]中自行更改按键配置。
