《东方永夜抄》是一款东方同人游戏，游戏采用经典的弹幕射击玩法，在保留经典玩法和系统的基础上，增加了全新的游戏内容。在《东方永夜抄》中，玩家需要与一名特定的妖怪组队，在全6关的故事模式中交替使用两人闯关。本作还新增“符咒练习”（Spell Practise）模式，可以挑战已看过的各头目符卡。达成一定条件还会开放挑战各个角色（包括本作所有自机及头目）的终句（Last Word），一种只有在此模式才能挑战且难度高的符卡。
进入游戏后，有纵向列出的很多个选项，第一个是开始游戏
Z键确定，X键是取消，还有就是上下左右键移动光标。
然后选择开始游戏后，有4个选项，千万不要看每个选项下面ZUN神的口胡，如果你是新手，或者刚接触东方PROJECT，请从EASY，也就是第一个难度（最简单的）。
然后进入选择人物界面，有四组人物，新手推荐第一组（博丽灵梦+八云紫）(初心向自机)
然后就进入游戏了，Z是发射子弹，X是BOMB，还有SHIFT键（按住），是切换人物，按住SHIFT键后一般移动速度都会慢一些，另外就是在你的机体中心出现一个白点，此点为判定点，此点不被命中时，你不会有事。
在你被命中时，会听到BIU~的一声，不要慌，马上按X还可以放出决死大，不用损命，不过要损失两个BOMB。
东方永夜抄共有8个可选游戏人物。在游戏中，他们两人一组行动（在每组通关后，也可选择该小组的一个成员单独使用）。每个小组的两个人物只能交替出场：其中一人使用普通定向攻击；另一人牺牲移动速度，换取自动瞄准的导向攻击。两种攻击模式截然不同。单人物游戏模式下不能切换攻击模式 。
本作游戏特有的系统包括终符系统：在敌人方面，终符是一个额外的加分关卡，在这个关卡中不必担心损命和失去炸弹；在玩家方面，终符是一种更高级的“炸弹”符卡，只有在被子弹击中时按出的决死炸弹才会发动，它以两枚炸弹为代价，换取一个持续时间更长、威力更强的炸弹效果。新系统还包括一个显示人类指数/妖怪指数的状态槽，以及新的“倍率”系统，这些都会对游戏产生影响。
敌机或自机被击破时会掉落道具。
P道具
取得后可增加Power值，增加到一定程度后可加强自机射击。P道具分成小型的和大型的两种，小型的可增加Power值1点，大型的可增加8点。
点道具
取得后可增加分数，取得的位置越高获得分数越高。取得一定数量后获得1UP奖励。
B道具
取得后可增加一次Bomb使用次数。
1UP道具
取得后可直接产生1UP。击退3面、5面或Extra的中头目皆可获得此道具。
F道具
取得后可使Power直接升至全满。在自机残机0之下Miss时会出现。
